Βασίλειος Ι Προμπονάς

Οι δραστηριότητες του Ερευνητικού Εργαστηρίου Βιοπληροφορικής προσανατολίζονται κυρίως στη Μεγάλης Κλίμακας Υπολογιστική Ανάλυση Γονιδιωματικών δεδομένων και τη χρήση υπολογιστικών μεθόδων για την αποκάλυψη των αρχών που διέπουν τη Μοριακή Βάση της ζωής. Παρόντα και μελλοντικά ερευνητικά σχέδια εστιάζουν στη διαλεύκανση των σχέσεων μεταξύ ακολουθίας-δομής-λειτουργίας πρωτεϊνών με τη χρήση μεθόδων σύγκρισης ακολουθιών, στατιστικών τεχνικών και τεχνικών μηχανικής μάθησης. Ειδικότερα, αντικείμενα έρευνας:
1. Επαναληπτικές ακολουθίες, περιοχές ακολουθιών με χαμηλή πολυπλοκότητα, περιοχές ακραίας σύστασης: Διερεύνηση της διασύνδεσής τους με την πρωτεϊνική δομή και την πρωτεϊνική (δυσ)λειτουργία. Μελέτη πιθανών εξελικτικών μηχανισμών σχηματισμού πρωτεϊνών με επαναλήψεις.
2. Πρόγνωση της δομής και λειτουργίας Διαμεμβρανικών πρωτεϊνών καθώς και πρωτεϊνών σχετιζόμενες με μεμβράνες: Πρόγνωση δομικών χαρακτηριστικών μεμβρανικών πρωτεϊνών. Εξέλιξη της τοπολογίας-δομής-λειτουργίας μεμβρανικών πρωτεϊνών.
3. Δομική/Λειτουργική κατηγοριοποίηση πρωτεϊνών από την ακολουθία τους
4. Σχολιασμός πλήρως προσδιορισμένων γονιδιωμάτων με υπολογιστικές μεθόδους
Το Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής έχει ερευνητικές συνεργασίες με ερευνητικ ές ομάδες στην Ελλάδα, το Ηνωμένο Βασίλειο και την Ιταλία, ενώ αναμένεται η ανάπτυξη νέων συνεργασιών και στα πλαίσια του Πανεπιστημίου Κύπρου.