1. Περιεκτική εξέταση. Το αργότερο μέχρι το έκτο εξάμηνο σπουδών, ο φοιτητής πρέπει να επιτύχει σε περιεκτική εξέταση ενώπιον τριμελούς επιτροπής, η οποία ορίζεται από τα συμβούλια των εμπλεκομένων Τμημάτων ΒΝΕ και ΙΣΑ, μετά από εισήγηση του ερευνητικού συμβούλου. Η εξέταση αυτή είναι προφορική και τρίωρη. Αποτελείται από τρία θέματα, τα οποία οι φοιτητές πρέπει να επιλέξουν από διάφορες θεματικές ενότητες αντιπροσωπευτικές των γνωστικών αντικειμένων του προγράμματος σε συνεννόηση με τα μέλη της τριμελούς επιτροπής.
 
2. Έγκριση αναλυτικής πρότασης διδακτορικής διατριβής. Μετά την περιεκτική εξέταση και εντός χρονικού διαστήματος τεσσάρων το πολύ εξαμήνων, ο υποψήφιος διδάκτορας καταθέτει τεκμηριωμένη ερευνητική πρόταση για διδακτορική διατριβή. Η πρόταση αυτή υποβάλλεται σε τριμελή επιτροπή, η οποία ορίζεται από τα συμβούλια των εμπλεκομένων Τμημάτων, ύστερα από συνεννόηση με τον ερευνητικό σύμβουλο. Μόνο μετά την έγκριση της πρότασης δικαιούται ο φοιτητής να προχωρήσει στη συγγραφή της διατριβής.
 
3. Ενεργός συμμετοχή στο «Εργαστήρι Βυζαντινών Σπουδών», συμπεριλαμβανομένης και παρουσίασης εισήγησης διάρκειας 45-50 λεπτών.
 
4. Κατάθεση και υποστήριξη της διδακτορικής διατριβής, σύμφωνα με τον κανονισμό των μεταπτυχιακών σπουδών του Πανεπιστημίου.