Σκοπός των μεταπτυχιακών προγραμμάτων στο τμήμα ΠΜΜΠ είναι η εξειδίκευση και η προώθηση της βασικής και εφαρμοσμένης έρευνας, η καινοτομία και η διάχυση επιστημονικών αποτελεσμάτων. Τα μεταπτυχιακά προγράμματα του τμήματος ΠΜΜΠ έχουν κυρίως ερευνητικό προσανατολισμό για να υποστηρίζουν και να ενδυναμώνουν τις ερευνητικές και εκπαιδευτικές δραστηριότητες του τμήματος και του πανεπιστημίου και την προώθηση της καινοτομίας στη χώρα. Η έρευνα εστιάζεται σε τομείς που εξυπηρετούν τις ανάγκες και τα συμφέροντα της κοινωνίας, αναγνωρίζοντας και δίνοντας λύσεις σε τοπικά και διεθνή προβλήματα και προωθώντας ευκαιρίες για ανάπτυξη και βελτίωση της ζωής στην Κύπρο.
Το Τμήμα ΠΜΜΠ δέχεται κάθε χρόνο μεταπτυχιακούς φοιτητές στα επίπεδα Μάστερ (M.Eng., M.Sc.) και Διδακτορικού (Ph.D.). Οι φοιτητές έχουν δικαίωμα επιλογής μεταξύ των δύο τίτλων σπουδών M.Sc. ή M.Eng. Ενδιάμεση αλλαγή από τον ένα τίτλο σπουδών στον άλλο επιτρέπεται μετά από αίτηση του φοιτητή και έγκριση του Συμβουλίου Τμήματος. Το Συμβούλιο Τμήματος έχει το δικαίωμα της υποχρεωτικής αλλαγής από M.Sc. σε M.Eng. σε περίπτωση μη ικανοποιητικής προόδου του φοιτητή στην έρευνα διατριβής και μετά από πρόταση του ερευνητικού συμβούλου του φοιτητή.
 
Μάστερ (Μ.Εng.)  (90 ECTS)
Δίδεται ιδιαίτερη βαρύτητα στην ανάπτυξη δεξιοτήτων μέσω απόκτησης γνώσεων από ένα ευρύ φάσμα μαθημάτων. Από το σύνολο των απαιτούμενων εκπαιδευτικών μονάδων ECTS, στο πρόγραμμα αυτό οι 80 προέρχονται από την επιτυχή παρακολούθηση 10 μαθημάτων μεταπτυχιακού επιπέδου.
 
Μάστερ Επιστήμης (Μ.Sc.) (110 ECTS)
Δίδεται ιδιαίτερη βαρύτητα στην ανάπτυξη ερευνητικής μεθοδολογίας μέσω της εκπόνησης μεταπτυχιακής διατριβής με τεκμηριωμένη συμβολή στην πρόοδο της επιστήμης. Από το σύνολο των απαιτούμενων εκπαιδευτικών μονάδων ECTS στο πρόγραμμα, οι 56 προέρχονται από την επιτυχή παρακολούθηση 7 μαθημάτων μεταπτυχιακού επιπέδου, ενώ οι υπόλοιπες πιστωτικές μονάδες αναφέρονται στην μεταπτυχιακή διατριβή. Οι φοιτητές ενθαρρύνονται για την δημοσίευση των αποτελεσμάτων της έρευνας σε επιστημονικά περιοδικά και διεθνή επιστημονικά συνέδρια κατόπιν κρίσεως.
 
Διδακτορικό (Ph.D.) (240 ECTS)
Το διδακτορικό είναι στην ουσία ερευνητικός τίτλος και αποτελεί την κορύφωση των πανεπιστημιακών σπουδών. Για την εισαγωγή στο πρόγραμμα προϋπόθεση αποτελεί η κατοχή Μεταπτυχιακού τίτλου σε συναφή γνωστική περιοχή. Στα προαπαιτούμενα συμπεριλαμβάνονται μεταπτυχιακά μαθήματα (σύνολο 80 π.μ., εκ των οποίων μέχρι 56 π.μ. μπορούν να αναγνωρισθούν από το πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών του/της Υ.Δ.), επιτυχής εξέταση σε περιεκτική εξέταση (comprehensive exam), παρουσίαση και επιτυχή έγκριση ερευνητικής πρότασης και εκπόνηση διδακτορικής διατριβής με επιτυχή υποστήριξη ενώπιον πενταμελούς εξεταστικής επιτροπής. Οι Υ.Δ. υποχρεούνται να προδημοσιεύσουν σε έγκριτα διεθνή περιοδικά μέρος των αποτελεσμάτων της έρευνάς τους ως προ-απαίτηση για την τελική έγκριση της διδακτορικής διατριβής.