Το Νοέμβριο του 2005 αποφασίστηκε η σύσταση Συμβουλίου του Γραφείου Αποφοίτων, στο οποίο συμμετέχουν εκπρόσωποι των Σχολών, εκπρόσωποι του Συνδέσμου Αποφοίτων και εκπρόσωπος του Γραφείου Αποφοίτων.

Το Συμβούλιο επιλαμβάνεται διαφόρων θεμάτων και ιδιαίτερα θεμάτων πολιτικής που αφορούν στο Γραφείο Αποφοίτων, μεριμνά για τον προγραμματισμό της στρατηγικής του Γραφείου Αποφοίτων για την ικανοποίηση τόσο των υφιστάμενων αναγκών όσο και των μελλοντικών στόχων του Πανεπιστημίου σε σχέση με τους απόφοιτους, εισηγείται μέτρα και τρόπους βελτίωσης των εργασιών του Γραφείου Αποφοίτων και κατανομή του απαραίτητου προϋπολογισμού για την ανάπτυξη των δραστηριοτήτων του και υποβάλει στη Σύγκλητο έκθεση αναφορικά με κάθε θέμα που αποστέλλεται για μελέτη.

Το Συμβούλιο τελεί υπό την εποπτεία του εκάστοτε Πρύτανη, ο οποίος σε συνεννόηση με τα μέλη του ορίζει τον Πρόεδρο του σώματος.

Η παρούσα σύνθεση του Συμβουλίου του Γραφείου Αποφοίτων είναι η εξής: