Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών οδηγεί σε Πτυχία Μάστερ και Διδακτορικού στην Πληροφορική. Οι μεταπτυχιακές σπουδές στο Τμήμα διέπονται από τους αντίστοιχους κανόνες Μεταπτυχιακών Σπουδών, οι οποίο εγκρίθηκαν από τη Σύγκλητο (149α συνεδρίαση 22/5/2002).

Το Τμήμα Πληροφορικής, από το ακαδημαϊκό έτος 2009-2010, προσφέρει τα ακόλουθες τέσσερα προγράμματα Μάστερ:

• Μάστερ στην επιστήμη της Πληροφορικής (ΜΕΠ)
• Μάστερ στο Διαδικτυακό Υπολογισμό (ΜΔΥ)
• Μάστερ στα Ευφυή Συστήματα (ΜΕΣ)
• Επαγγελματικό Μάστερ στις Προηγμένες Τεχνολογίες Πληροφορικής (ΕΜ)

Σύμφωνα με το σύστημα ECTS, απαιτείται η επιτυχής ολοκλήρωση τουλάχιστον 90 ECTS για την απόκτηση Μάστερ. Εξαιρείται το Επαγγελματικό Μάστερ στις Προηγμένες Τεχνολογίες Πληροφορικής, που απαιτεί την επιτυχή ολοκλήρωση τουλάχιστον 75 ECTS

Για να γίνει δεκτός ένας υποψήφιος σε πρόγραμμα Μάστερ, πρέπει να έχει πρώτο πτυχίο στην Πληροφορική ή σε συναφές θέμα από αναγνωρισμένο πανεπιστήμιο με γενικό βαθμό "Λίαν Καλώς". Οποιαδήποτε σχετική εμπειρία μπορεί να θεωρηθεί επιπλέον προσόν.

Το Τμήμα προσφέρει Μεταπτυχιακά Προγράμματα στο Διδακτορικό επίπεδο σε διάφορες ειδικότητες της Επιστήμης των Υπολογιστών.