Σκοπός του Μεταπτυχιακού Προγράμματος είναι η προαγωγή της έρευνας και της γνώσης στη Φυσική. Το Τμήμα προσφέρει μεταπτυχιακά προγράμματα που οδηγούν σε Μάστερ και Διδακτορικό. Οι ερευνητικές δραστηριότητες του Τμήματος περιλαμβάνουν τις βασικές και εφαρμοσμένες περιοχές της Φυσικής.
Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές γίνονται δεκτοί χωρίς την ανάγκη διευκρίνισης εάν θα ακολουθήσουν πρόγραμμα Μάστερ ή Διδακτορικό. Οι φοιτητές θεωρούνται υποψήφιοι για Διδακτορικό μόνον αφού επιτύχουν στην περιεκτική εξέταση το αργότερο μέχρι το πέμπτο εξάμηνο των σπουδών τους. Αν ένας φοιτητής αποτύχει δύο φορές στην περιεκτική εξέταση, τότε δεν μπορεί να προχωρήσει για διδακτορικό, έχει όμως την επιλογή να αποκτήσει πτυχίο Μάστερ εκπονώντας διατριβή.
Από το Σεπτέμβριο του 1999 δίνονται κάθε χρόνο από το Τμήμα πέντε (5) μεταπτυχιακά μαθήματα κορμού, αριθμός ειδικών μαθημάτων και μαθημάτων ειδίκευσης.
Τα πιο κάτω είναι μαθήματα κορμού και είναι υποχρεωτικά για όλους τους φοιτητές:
Πρώτο Εξάμηνο
ΦΥΣ 625 - Κβαντομηχανική Ι
ΦΥΣ 631 - Ηλεκτρομαγνητισμός
Δεύτερο Εξάμηνο
Μάθημα ειδίκευσης
ΦΥΣ 811 - Πειραματική Φυσική