Οι ερευνητικές δραστηριότητες του Τμήματος πραγματοποιούνται στα Εργαστήρια/Ομάδες του Τμήματος που είναι:
 
  • Ερευνητική ομάδα Μοντελοποίησης Δυναμικών Συστημάτων
  • Εργαστήριο Ταλαντώσεων, Ανάλυσης και Επεξεργασίας Σήματος
  • Εργαστήριο Ρομποτικής και Αυτοματισμών
  • Εργαστήριο Βιοϊατρικής Υπερήχων
  • Εργαστήριο Ρομποτικής Αποκατάστασης
  • Εργαστήριο Υπολογιστικής Μηχανικής (ucy-compsci.org)
  • Εργαστήριο Νανοδομημένων Υλικών και Διατάξεων
  • Εργαστήριο Μηχανικής Επιφανειών