ΕΡ.ΕΝ.Α.Ε. - Εργαστήριο Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών
Επιστημονική υπεύθυνη: Σ. Δεμέστιχα
ArtLandS Lab - Artefact & Landscape Studies Laboratory
Επιστημονικός υπεύθυνος: Α. Βιώνης
Geoinformatics Laboratory - Εργαστήριο Γεωπληροφορικής και Ψηφιακών Ανθρωπιστικών Επιστημών
Επιστημονικός υπεύθυνος: Α. Σαρρής
E.Α.Μ.Δ.Α.Π. - Εργαστήριο για την Αρχειοθέτηση, Μελέτη και Δημοσίευση Ανασκαφικών Προγραμμάτων
Επιστημονική υπεύθυνη: Ο. Κουκά
Εργαστήριο Μελέτης Αρχαίων Υλικών
Επιστημονική υπεύθυνη: Β. Κασσιανίδου