Η διοίκηση της ΕΜοΜεΤ οργανώνεται και λειτουργεί μέσα από τη σύσταση, τη συμμετοχή και την αγαστή συνεργασία των πιο κάτω οντοτήτων που εργάζονται συλλογικά για την εύρυθμη και αποτελεσματική λειτουργία, καθώς και για τη βιωσιμότητα και την περαιτέρω ανάπτυξη της Μονάδας:
  • Διευθυντής/τρια
  • Ακαδημαϊκό Συμβούλιο
  • Διοικητικό Συμβούλιο
  • Συμβουλευτική Επιτροπή (Advisory Board)