Όλα τα τμήματα του Πανεπιστημίου Κύπρου προσφέρουν ένα ή περισσότερα προγράμματα σπουδών σε επίπεδο μάστερ και διδακτορικό. Η εισαγωγή σε μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών γίνεται μετά από προκήρυξη των εγκεκριμένων θέσεων. 

Τα μεταπτυχιακά προγράμματα οδηγούν στην απόκτηση διπλώματος μάστερ ή διδακτορικού τίτλου. Στα μεταπτυχιακά διπλώματα δεν αναγράφεται βαθμός. Η απονομή διπλώματος μάστερ εγκρίνεται από το συμβούλιο του τμήματος, ενώ η απονομή διδακτορικού τίτλου εγκρίνεται από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου.

Η γλώσσα διδασκαλίας των μεταπτυχιακών προγραμμάτων είναι μία από τις επίσημες γλώσσες διδασκαλίας του Πανεπιστημίου (ελληνική και τουρκική). Το Πανεπιστήμιο δύναται, με απόφαση της Συγκλήτου, να προσφέρει μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών σε άλλη γλώσσα από τις επίσημες γλώσσες διδασκαλίας.

Διαπανεπιστημιακά προγράμματα, δύναται με απόφαση της Συγκλήτου να προσφέρονται σε οποιαδήποτε γλώσσα.  Τα προγράμματα  Οικονομική ΑνάλυσηΜΒΑFinancial Economics, Μηχανικής Πετρελαίων, Χερσαία και Υποβρύχια Αρχαιολογία Πεδίου, Master in European Studies , Master in Human Resource Management  , Master in Intelligent Critical Infrastructure Systems και Master in Business Economics (Technology, Innovation Management and Entrepreneurship -TIME MBE) προσφέρονται και στην αγγλική γλώσσα.  Επίσης Μεταπτυχιακά προγράμματα του Τμήματος Γαλλικών και Ευρωπαϊκών Σπουδών προσφέρονται στη γαλλική γλώσσα.

Οι αλλοδαποί φοιτητές που παρακολουθούν πρόγραμμα σπουδών του Πανεπιστημίου, το οποίο προσφέρεται σε άλλη γλώσσα από τις επίσημες γλώσσες της Δημοκρατίας, οφείλουν να παρακολουθήσουν πριν τη συμπλήρωση του προγράμματος σπουδών τους στο Πανεπιστήμιο, ένα τουλάχιστον μάθημα στην "ελληνική γλώσσα και τον πολιτισμό".


Κατάλογος με τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών που προσφέρονται από το Πανεπιστήμιο
(αλφαβητικά ανά τμήμα και ανά πρόγραμμα σπουδών):

 ΤΜΗΜΑ  ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΣΠΟΥΔΩΝ ΓΛΩΣΣΑ ΔΙΑΔΑΣΚΑΛΙΑΣ ΕΠΙΠΕΔΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΟΣ 
ΑΓΓΛΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ Αγγλική Λογοτεχνία και Συγκριτικές Πολιτισμικές Σπουδές Αγγλική Μάστερ/ Διδακτορικό
Γλωσσολογία Αγγλική Διδακτορικό
Διδακτική της Αγγλικής ως Ξένης Γλώσσας Αγγλική Μάστερ
Θεωρητική και Εφαρμοσμένη Γλωσσολογία Αγγλική Μάστερ
Μεταφραστικές Σπουδές Αγγλική Διδακτορικό
ΑΡΧΙΤΕΚΤΟΝΙΚΗΣ Ελληνική Διδακτορικό

Ενεργειακές Τεχνολογίες και Αειφόρος Σχεδιασμός (Διατμηματικό)

Ελληνική Μάστερ

Συντήρηση και Αποκατάσταση Ιστορικών Κτηρίων και Συνόλων (Διατμηματικό)

Ελληνική Μάστερ
ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ  

Βιοϊατρικές Επιστήμες  (Μάστερ)

Βιοϊατρικές Επιστήμες (Διδακτορικό)

Αγγλική
 
Aγγλική
Μάστερ/Διδακτορικό

Βιοποικιλότητα και Οικολογία (Μάστερ)

Βιοποικιλότητα και Οικολογία (Διδακτορικό)

Αγγλική
 
Αγγλική
Μάστερ/Διδακτορικό
Μοριακή Βιολογία και Βιοϊατρική Αγγλική Μάστερ
ΒΥΖΑΝΤΙΝΩΝ ΚΑΙ ΝΕΟΕΛΛΗΝΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ Βυζαντινές Σπουδές και Λατινική Ανατολή (Διατμηματικό) Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό

Νεοελληνική Φιλολογία

Ελληνική  Μάστερ/Διδακτορικό
ΓΑΛΛΙΚΩΝ ΚΑΙ ΕΥΡΩΠΑΪΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ Γαλλικές Σπουδές  Γαλλική Διδακτορικό
Διδακτική της Γαλλικής ως Ξένης Γλώσσας  Γαλλική Μάστερ

Ευρωπαϊκές Σπουδές (Μάστερ),

Ευρωπαϊκές Σπουδές (Διδακτορικό)

Ελληνική/Αγγλική/Γαλλική
 
Ελληνική/Αγγλική/Γαλλική
Μάστερ/Διδακτορικό
ΔΙΟΙΚΗΣΗΣ ΕΠΙΧΕΙΡΗΣΕΩΝ ΚΑΙ ΔΗΜΟΣΙΑΣ ΔΙΟΙΚΗΣΗΣ Διοίκηση Επιχειρήσεων (MBA Μερικής και Πλήρης Φοίτησης - στην ελληνική και αγγλική γλώσσα) (Διατμηματικό) Ελληνική/Αγγλική Μάστερ
Διοίκηση Επιχειρήσεων (στην ελληνική και αγγλική γλώσσα) Ελληνική/Αγγλική Διδακτορικό
Διοίκηση Ανθρώπινου Δυναμικού (στην ελληνική και αγγλική γλώσσα) Ελληνική/Αγγλική Μάστερ
ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΤΗΣ ΑΓΩΓΗΣ                Αναλυτικά Προγράμματα, Διδασκαλία και Συγκριτική Παιδαγωγική Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Γλώσσα και Εκπαίδευση Ελληνική Διδακτορικό
Διδακτική και Μεθοδολογία των Μαθηματικών (σε συνεργασία με Τμήμα Μαθηματικών και Στατιστικής ΠΚ και το Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών) Ελληνική Μάστερ
Διδακτική του Γλωσσικού Μαθήματος Ελληνική Μάστερ
Ειδική και Ενιαία Εκπαίδευση Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Εκπαιδευτική Διοίκηση και Αξιολόγηση Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Επιστήμες της Αγωγής/Πολυπολιτισμικότητα, Μετανάστευση και Αποαποικιακή Εκπαίδευση Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Επιστήμες της Αγωγής/Εκπαιδευτική Τεχνολογία Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Επιστήμες της Αγωγής/Θεωρία και Φιλοσοφία της Εκπαίδευσης Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Επιστήμες της Αγωγής/Θρησκευτική Παιδεία Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Επιστήμες της Αγωγής/Κοινωνιολογία της Εκπαίδευσης Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Επιστήμες της Αγωγής/Νηπιοσχολική Αγωγή Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Επιστήμες της Αγωγής/Παιδαγωγική της Φυσικής Αγωγής Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Μαθηματική Παιδεία Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Μάθηση στις Φυσικές Επιστήμες Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Σπουδές Φύλου (σε συνεργασία με Κέντρο Σπουδών Φύλου και Έδρα Unesco για την Ισότητα και Ενδυνάμωση των Φύλων) Ελληνική/Αγγλική Μάστερ/Διδακτορικό
ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ  Ενεργειακές Τεχνολογίες και Αειφόρος Σχεδιασμός (Διατμηματικό) Ελληνική Μάστερ

Ηλεκτρολόγοι Μηχανικοί (Μάστερ)

Ηλεκτρολόγοι Μηχανικοί (Διδακτορικό)

Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό

Μηχανικοί Υπολογιστών (Μάστερ)

Μηχανικοί Υπολογιστών (Διδακτορικό)

Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
MSc in Intelligent Critical Infrastructure Systems ( σε συνεργασία με το Κέντρο Αριστείας για Έρευνα και Καινοτομία "ΚΟΙΟΣ"  και το Imperial College London (στην αγγλική γλώσσα)
Αγγλική Μάστερ
ΙΣΤΟΡΙΑΣ ΚΑΙ ΑΡΧΑΙΟΛΟΓΙΑΣ Αρχαία Ιστορία Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Βυζαντινές Σπουδές και Λατινική Ανατολή (Διατμηματικό) Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Μεσογειακή Αρχαιολογία από την Προϊστορία έως την Ύστερη Αρχαιότητα Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Νεότερη και Σύγχρονη Ιστορία Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Παραδοσιακός Πολιτισμός (16ος - 20ος αιώνας) Ελληνική Διδακτορικό
Συντήρηση και Αποκατάσταση Ιστορικών Κτηρίων και Συνόλων (Διατμηματικό) Ελληνική Μάστερ
Χερσαία και Υποβρύχια Αρχαιολογία Πεδίου (στην αγγλική γλώσσα) Αγγλική Μάστερ
ΚΛΑΣΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ ΚΑΙ ΦΙΛΟΣΟΦΙΑΣ Ευρωπαϊκό Πρόγραμμα στις Σπουδές των Κλασικών Πολιτισμών (σε συνεργασία με Πανεπιστήμια Ελλάδας, Αυστρίας, Γερμανίας, Γαλλίας, Ιταλίας, Ισπανίας, Πολωνίας, Τουρκίας)  Αγγλική Μάστερ
Κλασικές Σπουδές Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
ΚΟΙΝΩΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΠΟΛΙΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Κοινωνιολογία Ελληνική Διδακτορικό
Πολιτική Επιστήμη Ελληνική Διδακτορικό
Πολιτική Επιστήμη (κατεύθυνση Διεθνείς Σχέσεις) Ελληνική Μάστερ
Πολιτική Επιστήμη (κατεύθυνση Ευρωπαϊκή Πολιτική) Ελληνική Μάστερ
ΛΟΓΙΣΤΙΚΗΣ ΚΑΙ ΧΡΗΜΑΤΟΟΙΚΟΝΟΜΙΚΗΣ   Financial Economics (στην αγγλική γλώσσα) (Διατμηματικό) Αγγλική Μάστερ
Διοίκηση Επιχειρήσεων (ΜΒΑ Μερικής και Πλήρης Φοίτησης - στην ελληνική και αγγλική γλώσσα) (Διατμηματικό) Ελληνική/Αγγλική Μάστερ

Χρηματοοικονομική (Μάστερ)

Χρηματοοικονομική (Διδακτορικό)

Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΩΝ ΚΑΙ ΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗΣ Εφαρμοσμένα Μαθηματικά Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Εφαρμοσμένη Στατιστική Ελληνική Μάστερ
Καθαρά Μαθηματικά Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Στατιστική Ελληνική Διδακτορικό
Διδακτική και Μεθοδολογία των Μαθηματικών (σε συνεργασία με το Τμήμα Επιστημών της Αγωγής και το Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών) Ελληνική Μάστερ
ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΚΑΤΑΣΚΕΥΑΣΤΙΚΗΣ   Ενεργειακές Τεχνολογίες και Αειφόρος Σχεδιασμός (Διατμηματικό) Ελληνική Μάστερ

Μηχανικής Μηχανολογίας και Κατασκευαστικής (Μάστερ)

Μηχανικής Μηχανολογίας και Κατασκευαστικής (Διδακτορικό)

Ελληνική
 
Ελληνική
Μάστερ/Διδακτορικό

Προηγμένα Υλικά και Νανοτεχνολογία (Μάστερ) 

Προηγμένα Υλικά και Νανοτεχνολογία (Διδακτορικό) 

Ελληνική
 
Ελληνική
Μάστερ/Διδακτορικό
ΝΟΜΙΚΗΣ  Νομική (Διδακτορικό) Ελληνική Διδακτορικό
Νομική (Μάστερ) Ελληνική Μάστερ
ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΩΝ  Business Economics (Technology, Innovation Management and Enterpreneurship - TIME MBE) (στην αγγλική γλώσσα) (σε συνεργασία με Πανεπιστήμιο Κρήτης και Wageningen University Ολλανδίας) Αγγλική  Μάστερ
Financial Economics (στην αγγλική γλώσσα) (Διατμηματικό) Αγγλική Μάστερ
Νομισματικά και Χρηματοοικονομικά Ελληνική Μάστερ
Οικονομικά Ελληνική Διδακτορικό
Οικονομική ανάλυση (στην ελληνική και αγγλική γλώσσα) Ελληνική/Αγγλική Μάστερ
ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ Cognitive Systems (σε συνεργασία με Τμήμα Ψυχολογίας ΠΚ και ΑΠΚΥ) Αγγλική Μάστερ
Διαδικτυακός Υπολογισμός Ελληνική Μάστερ
Επιστήμη της Πληροφορικής Ελληνική Μάστερ
Ευφυή Συστήματα Ελληνική Μάστερ
Πληροφορική Ελληνική Διδακτορικό
Προηγμένες Τεχνολογίες Πληροφορικής (Επαγγελματικό Πρόγραμμα) Ελληνική Μάστερ
ΠΟΛΙΤΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ Ενεργειακές Τεχνολογίες και Αειφόρος Σχεδιασμός (Διατμηματικό) Ελληνική Μάστερ
Μηχανική Πετρελαίων (στην ελληνική και αγγλική γλώσσα) Ελληνική/Αγγλική Μάστερ
Μηχανικοί Περιβάλλοντος Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό

Πολιτικοί Μηχανικοί (Μάστερ)

Πολιτικοί Μηχανικοί (Διδακτορικό)

Ελληνική
 
Ελληνική
Μάστερ/Διδακτορικό
Πολιτικοί Μηχανικοί/Ανάλυση Κατασκευών Ελληνική Μάστερ
Πολιτικοί Μηχανικοί/Αντισεισμική Μηχανική Ελληνική Μάστερ
Πολιτικοί Μηχανικοί/Γεωτεχνική Μηχανική Ελληνική Μάστερ
Πολιτικοί Μηχανικοί/Διεύθυνση Κατασκευαστικών και Μεταφορικών Υποδομών Ελληνική Μάστερ
Πολιτικοί Μηχανικοί/Καινοτόμα και Παραδοσιακά Δομικά Υλικά Ελληνική Μάστερ
Συντήρηση και Αποκατάσταση Ιστορικών Κτηρίων και Συνόλων (Διατμηματικό) Ελληνική Μάστερ
ΤΟΥΡΚΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΕΣΑΝΑΤΟΛΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ

Τουρκικές Σπουδές (Μάστερ)

Τουρκικές Σπουδές (Διδακτορικό)

Ελληνική
 
Ελληνική
Μάστερ/Διδακτορικό
ΦΥΣΙΚΗΣ  High Performance Computing for Life Sciences, Engineering and Physics (HPC - LEAP European Joint Doctorate) (σε συνεργασία με Ινστιτούτο Κύπρου και University of Wuppertal, Γερμανίας) Αγγλική Διδακτορικό
Αρχές Φυσικής Ελληνική Μάστερ

Φυσική

Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
XHMEIAΣ 

Χημεία

Ελληνική Μάστερ/Διδακτορικό
Χημεία Τροφίμων Ελληνική Μάστερ
ΨΥΧΟΛΟΓΙΑΣ       Cognitive Systems (σε συνεργασία με Τμήμα Πληροφορικής ΠΚ και ΑΠΚΥ) Αγγλική Μάστερ
Γνωστική - Εκπαιδευτική Ψυχολογία Ελληνική Μάστερ
Κλινική Ψυχολογία Ελληνική Διδακτορικό
Κοινωνική - Αναπτυξιακή Ψυχολογία Ελληνική Μάστερ
Σχολική Συμβουλευτική και Καθοδήγηση (σε συνεργασία με Παιδαγωγικό Τμήμα, Πανεπιστήμιο Αθηνών) Ελληνική Μάστερ
Σχολική Ψυχολογία (Εφαρμοσμένο Πρόγραμμα) Ελληνική Μάστερ
Ψυχολογία Ελληνική Διδακτορικό