Η Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου έχει ως πρωταρχική αποστολή τη συμβολή, με ουσιαστικό και συστηματικό τρόπο, στις προσπάθειες των Αρχών του Πανεπιστημίου για την επίτευξη των στρατηγικών τους στόχων. Μέσω της διενέργειας ανεξάρτητων και αντικειμενικών ερευνών και ελέγχων, παρέχει στις Αρχές τα αναγκαία εργαλεία, τεκμηριωμένα στοιχεία και αξιόπιστες πληροφορίες, που συνδράμουν αποτελεσματικά στην υλοποίηση των στρατηγικών επιδιώξεων του Ιδρύματος.

Η υποστήριξη αυτή προκύπτει κυρίως από τον έλεγχο και την αξιολόγηση:

α) των εσωτερικών συστημάτων και διαδικασιών λειτουργίας του Πανεπιστημίου,
β) της συμμόρφωσης με τους ισχύοντες Νόμους, Κανονισμούς, Κανόνες και Αποφάσεις των αρμόδιων Αρχών,
γ) της ορθολογικής και αποτελεσματικής διαχείρισης των οικονομικών πόρων, και
δ) της διαφύλαξης και προστασίας των περιουσιακών στοιχείων.

Η Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου υποβάλλει τις εκθέσεις της στην Επιτροπή Ελέγχου, η οποία διατυπώνει εισηγήσεις προς το Συμβούλιο του Πανεπιστημίου για τη διόρθωση ή/και βελτίωση τυχόν αδυναμιών και προβλημάτων που εντοπίζονται κατά τη διαδικασία των ελέγχων.

Κεντρικός στόχος της Υπηρεσίας είναι η παροχή έγκυρης και αντικειμενικής πληροφόρησης, καθώς και η προσφορά συμβουλευτικών υπηρεσιών προς τις Αρχές του Πανεπιστημίου, συμβάλλοντας στη λήψη τεκμηριωμένων, ορθών και δίκαιων αποφάσεων που ενισχύουν τη διαφάνεια, την αποτελεσματικότητα και την προστιθέμενη αξία του Οργανισμού.