Το Πανεπιστήμιο Κύπρου είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου και διοικείται από το Συμβούλιο, το οποίο «έχει τη διαχείριση και έλεγχο των διοικητικών και οικονομικών υποθέσεων του Πανεπιστημίου και της περιουσίας του», και τη Σύγκλητο, η οποία «αποτελεί το ανώτατο ακαδημαϊκό όργανο του Πανεπιστημίου». Oι σχολές και τα τμήματα διοικούνται από Συμβούλια, με επικεφαλής τον Κοσμήτορα της Σχολής και τον Πρόεδρο του Τμήματος αντίστοιχα. Το Πρυτανικό Συμβούλιο έχει εκτελεστικές αρμοδιότητες που αφορούν καθημερινά ή τρέχοντα ζητήματα.